Vsebina

• Vsebina: Razlika med Genomično knjižnico in knjižnico cDNA
• Primerjalna tabela
• Kaj je genomska knjižnica?
• Kaj je knjižnica cDNA?
• Ključne razlike

Genomska knjižnica in knjižnica cDNA se uporabljata pri kloniranju genov za izolacijo različnih DNK. Razlika med obema knjižnicama je, da genomska knjižnica obsega fragmente DNK, ki izražajo celoten genom organizma, medtem ko se v knjižnici cDNA mRNA odvzame iz določenih celic organizma, nato pa cDNA sestoji iz te mRNA v reakciji, ki se katalizira z encimom.

Vsebina: Razlika med Genomično knjižnico in knjižnico cDNA

• Primerjalna tabela
• Kaj je genomska knjižnica?
• Kaj je knjižnica cDNA?
• Ključne razlike

Primerjalna tabela

Osnove	Genomska knjižnica	knjižnica cDNA
Opredelitev	Genomska knjižnica je zbirka celotne genomske DNK iz enega organizma. DNK je shranjena v populaciji podobnih prenašalcev, vsak pa vsebuje ločen vložek DNK.	Knjižnica cDNA je mešanica kloniranih fragmentov cDNA, vstavljenih v izbor gostiteljskih celic, ki skupaj predstavljajo del transkripta organizma.
Izraz	Celoten genom	Samo specifični geni.
Velikost	Večji	Manjši
Introni	Trenutni	Odsoten
Vektor	Za namestitev velikih fragmentov uporablja plazmide, kozmid, lambda fag, YAC in BAC.	Ni intronov, zato s sprejemom skromnih fragmentov uporablja plazmide, fagemide, lambda fag.

Kaj je genomska knjižnica?

Pri postopku kloniranja genov se zanimivi gen prepisuje iz DNK, ločenega od organizma. Ko se DNK loči od organizma, se naenkrat izločijo njeni geni. DNK organizma obsega tisoč različnih genov. Genetski inženir najde en poseben gen, ki kodira določen protein, ki vas zanima.

Popolnoma ni nobene metode, s katero je določen gen iz DNK na voljo, zato znanstveniki naredijo genske knjižnice za katalogizacijo DNK organizma. Znanstveniki nato v knjižnici izberejo želeni gen. Genska knjižnica je skupina živih bakterijskih kolonij, ki so se preoblikovale z edinstvenimi koščki DNK v organizmu, ki so izvor želenega gena. DNK se odvzame iz organizma za gradnjo knjižnice, ki je organizirana oblika DNK. Genomska knjižnica in cDNA sta dve vrsti genskih knjižnic. Številne tehnike kloniranja genov so bile uporabljene kot genske strategije v rekombinantni tehnologiji.

Fragmente DNK ločimo z rezanjem s specifičnimi restrikcijskimi encimi iz matične DNK. Ti fragmenti so vezani na vektorske molekule, nakopičene molekule pa se premaknejo v gostiteljske celice, po 1 molekula v vsaki celici. Genomsko knjižnico sestavljajo introni, neželena DNK in številni drugi fragmenti. Znotraj te knjižnice se DNA razbije na manjše delce znotraj celice. Po tem so vsi majhni deli vstavljeni v vektor za ustvarjanje knjižnice. Genomska knjižnica obsega vse DNK celotnih genov, celica pa sestavljajo vsi njihovi introni. Genomska DNK je prevod celotnega genoma. Zaradi velikosti intronov ne šifrira celotnega dela na enem kodonu. V genomski knjižnici ne obstaja noben mehanizem za spajanje, ki povzroča težave pri izražanju genov iz te knjižnice.

Kaj je knjižnica cDNA?

cDNA knjižnica je zgrajena z izbiro enega tkiva ali vrste celice. Kasneje se mRNA izolira iz tega tkiva ali celice. Kopija DNA molekule mRNA je sestavljena iz specifičnega encima reverzne transkriptaze. Torej knjižnica cDNA vsebuje tisto specifično DNK, ki je prisotna v mRNA. V tej knjižnici ni intronov in DNK zaporedja. V tej knjižnici so vsi kloni celovečerni. Poleg tega je klon cDNA bistvenega pomena za transficiranje celic za proizvodnjo beljakovin ali za celične teste.

Ključne razlike

1. Genomska knjižnica je bila napisana neposredno iz genomske DNK.
2. Knjižnica cDNA je bila oblikovana z uporabo mRNA kot predloge.
3. Genomska knjižnica zaseda celoten genom tega organizma.
4. cDNA knjižnica predstavlja samo gene določenih težav.
5. Za izgradnjo genomske knjižnice sta pomembna dva encima, restrikcijska endonukleaza in ligaza.
6. Encim obratne transkriptaze igra pomembno vlogo pri gradnji knjižnice cDNA.
7. Genomska knjižnica zaseda DNK tako prokariotskih kot evkariontskih organizmov.
8. cDNA knjižnica predstavlja DNK ravno evkariontskih organizmov.
9. cDNA knjižnica je sposobna izražati genom v bakterijah, ki so prokariotske, saj nimajo intronov.
10. Genomska knjižnica v prokariotskem organizmu ni sposobna povedati, ker ima introne, prokariontski organizem pa nima strojev za obdelavo intronov.